此病主要以菌核在土壤越冬，翌年7~8月间萌发形成孢子座，孢子座上产生多个子囊壳，其内产生大量子囊孢子和分生孢子；也可以厚垣孢子附在种子上越冬，条件适宜时萌发形成分生孢子。孢子借助气流传播散落，在水稻破口期侵害花器和幼器，造成谷粒发病。病原以厚垣孢子附着在种子表面和落入田间越冬，也可以菌核在土中越冬。第二年菌核萌发产生子座，形成子囊壳，产生子囊孢子，成为主要的初侵染源。厚垣孢子产生分生孢子，子囊孢子和分生孢子借气流传播，开花时萌发，菌丝侵入子房和柱头，并深入胚乳中迅速生长形成孢子座，造成谷粒发病。
稻曲病的侵染时期众说不一，多数研究者认为于水稻孕穗至开花期侵染为主，也有的认为厚垣孢子萌发后能直接侵染幼芽，菌丝在稻体内随着寄主的生长，而侵染发病。抽穗晚、梗粒数多、抽穗慢、抽穗期长的品种发病重。抽穗扬花时遇多雨、低温，特别是连阴雨，发生重。偏施氮肥以及穗肥用量过多，田间郁蔽严重，通风透光差，空气相对湿度高，发病重。淹水、串灌、漫灌是导致稻曲病传播的重要原因。
又称伪黑穗病、绿黑穗病、谷花病、青粉病，俗称“丰产果”。该病只发生于穗部，为害部分谷粒。受害谷粒内形成菌丝块渐膨大，内外颖裂开，露出淡黄色块状物，即孢子座，后包于内外颖两侧，呈黑绿色，初外包一层薄膜，后破裂，散生墨绿色粉末，即病菌的厚垣孢子，有的两侧生黑色扁平菌核，风吹雨打易脱落。
