柑橘大实蝇通过在果皮内产卵,孵化后的1龄至3龄幼虫均在果实内以果肉为食,致使为害的果实在未成熟之前就呈现黄色或黄中带红的特征。病果一般随着幼虫发育完成成虫期,在未成熟时提前掉落到地面,外观呈现病态,完全丧失食用价值,严重影响果实品质和产量。柑橘小实蝇主要以幼虫为害,其成虫产卵于果皮内,孵化后幼虫潜居果瓤取食。幼虫蛀食果肉,造成果实局部变黄,随后全果腐烂变臭,即使不腐烂,刺伤处凝结流胶,畸形下陷,果皮硬实,果味苦涩,严重影响果实品质。被柑橘小实蝇为害的果树落果严重,即使果实不脱落,采收贮存后也会变软腐烂,毫无商品性。此外,柑橘小实蝇的成虫也会对果实造成危害,雌虫以产卵管刺伤寄主果实取食,造成果面伤痕。