影响根瘤形成及固氮功能的因素包括大豆品种、矿质元素、水分含量、氮、光照、PH值和温度等。不同品种大豆根瘤形成时间、大小及固氮量有所不同。土壤施氮肥过多影响根瘤形成及固氮,施磷肥可增加固氮量,缺钼、铁、钴等微量元素影响固氮。土壤水分过多过少对根瘤固氮都不利。适宜的氧气和充足的光照有利于固氮。中性及微碱性土壤,PH值在6.8~8.8范围内利于根瘤菌的生长及固氮。大豆根瘤对大豆的生长有重要影响,结瘤能力受根际菌影响,主要包括几丁质酶与铁载体等。根瘤菌发育与环境密切相关,适应一定范围的土壤酸度,当土壤pH低于4.6或高于8时,接种效果不明显;高温干燥也影响根瘤发育。根瘤菌肥最好施在富含有机质的土壤中,或与有机肥料配合施用,但不能与化肥混播。施化肥时,应将种子与化肥隔开,化肥要施在种子下4厘米处。氮肥不宜施用过多,但与磷、钾及微量元素肥料配合施用,则能促进根瘤菌活性,特别是在贫瘠的土壤上。大气CO2浓度升高促进了大豆根系生长。光照强度高时,植株光合速率高,制造的光合产物多,供应根瘤生长发育所需的养分和固氮所需的能量充足,形成的根瘤多而大,活性高,固氮能力强。光强弱或光照不足时,植株光合速率低,光合产物少,供应根瘤的养分和能量少,形成的根瘤少而小,活性低,固氮能力弱。光照时间较长时,形成的根瘤多而大,固氮能力强;光照时间短时,形成的根瘤很小,甚至完全不结根瘤。温度在25~28℃是根瘤菌生长繁殖的适宜温度,过高或过低对根瘤菌生长繁殖和固氮活性都有抑制作用。根瘤菌生长发育的适宜土壤含水量因土壤类型而异,一般适宜的土壤相对湿度为60%~80%。土壤缺水明显抑制根瘤形成和生长,甚至停止固氮。大豆根瘤生长、发育和固氮都需要氧,但只有在适宜的氧气含量范围内,根瘤才能正常固氮,氧气过少或过多都会抑制固氮。