发病初期适当控制浇水，保护地栽培注意增强通风，降低空气湿度。培育无病壮苗，增施有机底肥，注意氮、磷、钾肥合理搭配。收获后彻底清除病株落叶。合理轮作：与非茄科及瓜类蔬菜实行3年以上轮作。加强栽培和管理：采取高垄腹膜种植，有积水时及时排水；及时中耕除草及整枝绑架，增施优质有机肥及磷钾肥，增强植株抗性；注意通风降湿，及时拔除中心病株并销毁。农业防治：加强栽培管理，以增温、排湿为目标，采用滴灌、膜下暗灌，降低湿度；及时清除病叶、病果，带出田外集中销毁，防止病害蔓延。
化学防治：发病初期可选用58%甲霜灵-锰锌可湿性粉剂600倍液，或25%嘧菌酯悬浮剂800-1000倍液。在疫病大范围发生时，从苗期开始防治，特别是第一现蕾期，应打一次预防药，常用的药剂有：58%甲霜灵锰锌可湿性粉剂500倍液；60%杀毒矾可湿性粉剂500倍液；75%百菌清可湿性粉剂600倍液；50%多菌灵可湿性粉剂500倍液，隔7-10天喷1次，连续防治3-4次。田间发现中心病株后及时清除病部，在周围3-5米立即喷药，可选用50%烯酰吗啉可湿性粉剂1500倍液、35%精甲霜灵乳剂1000倍液、64%噁霜·锰锌(杀毒钒)可湿性粉剂400-500倍液、69%安克锰锌可湿性粉剂600倍液或72.2%霜霉威盐酸盐(普力克)800倍液，每隔3-5天喷1次，连喷2-3次，封锁发病中心；如果病害继续扩展，可选用上述药剂全田喷施，5-7天1次，连喷3-4次。
番茄晚疫病防治：用2500倍52.5%恶唑菌酮·霜脲氰水分散粒剂，或600倍58%甲霜·锰锌可湿性粉剂，或600倍72%霜脲·锰锌可湿性粉剂，或600倍69%烯酰·锰锌可湿性粉剂，或2000倍50%嘧菌酯水分散剂等喷雾进行防治，效果很好。选用抗病品种，合理密植，科学运用肥水，适当通风，合理调节温度湿度，发病初期选择银法利、甲霜锰锌等药剂喷雾防治。
