西红柿病害种类较多，主要病害有病毒病、晚疫病、灰霉病、叶霉病、早疫病和溃疡病等。这些病害在实际生产上常常同时发生，交替发生，而且发病早、来势猛、流行快、危害重。虫害主要是蚜虫、温室白粉虱和棉铃虫等。苗期容易感染立枯病、枯萎病。
1.种子处理：温汤浸种：把种子放入55℃热水，维持水温均匀浸泡15分钟，主要防治叶霉病、溃疡病、早疫病。磷酸三钠浸种：先用清水浸种3到4小时，再放入10%磷酸三钠溶液中浸泡20分钟，捞出洗净，主要防治病毒病。
2.安装防虫网：棚室的放风口用防虫网封闭，孔径为25到40目，幅宽是1到1.2米，覆盖在放风口处。
3.适当增施磷钾肥，提高植株抗病能力。采用滴灌、膜下暗灌技术，防止大水漫灌。发病初期及时摘除残留花瓣及柱头，清除病叶、病果，拔除病株，防止病害蔓延。
4.药剂防治：烟剂熏蒸、粉尘法防治病虫害。
