茬口是影响苗期芝麻枯萎病发生的主要因素，连作地苗期枯萎病发生较重。气候因素则是影响成株期芝麻枯萎病发生的主要因素之一，在降雨量大、连续阴天、湿度大的气候条件下枯萎病会迅速发生并蔓延。品种间抗病性有差异，易感病品种发病早。
病菌以菌丝潜伏在种子内或随病残体在土壤中越冬，在土壤中可存活数年。翌年条件适宜时，从根毛、根尖和根部伤口侵入幼苗根部。病菌侵入后，进入导管，沿着导管向上蔓延至茎、叶蒴果和种子。播种带菌种子，也可引起幼苗发病。芝麻收获后，病菌又在土壤、病残株和种子内外越冬，成为翌年的初侵染源。田间操作以及虫害造成伤口，病菌易于侵入。
连作地、土温高、湿度大的瘠薄砂壤土易发病。芝麻开花期不喜雨水，雨后暴晴，很易发病。年年重茬种植芝麻，土壤病菌增长率多。芝麻枯萎病是一种为害维管束的真菌型病害，芝麻枯萎菌以菌丝潜伏在种子内或病残体在土中越冬，翌年浸染幼苗的根。
