农业防治。及时摘除和收集菜园中的受害瓜和落地瓜，集中深埋、水浸或焚烧，也可集中倒入装有杀虫剂药液的塑料大桶中，密封盖严沤杀，从而杀死苦瓜内的幼虫；避免与瓜类蔬菜连作，选择远离蜜源植物区的田块种植，采用盖膜种植，能减少再次为害的虫源；在为害严重的地区，可在瓜刚谢花、花瓣萎缩时对幼瓜喷施1次杀虫杀菌剂后进行套袋处理，可有效防止瓜实蝇成虫产卵为害。
物理防治。目前市场上有不少诱杀瓜实蝇的产品，如瓜实蝇诱粘板、瓜实蝇诱粘剂以及诱引剂等。当瓜实蝇成虫初羽化时，就在苦瓜种植田中安置诱杀产品，可有效减少瓜实蝇成虫的发生。
化学防治。成虫发生量大的种植园，可在幼瓜期于傍晚用1.8%阿维菌素乳油2000～3000倍液、2.5%溴氰菊酯（敌杀死）2000～3000倍液、50%灭蝇胺可湿性粉剂1500倍液、2.8%溴氰菊酯乳油3000倍液或40%毒死蜱（乐斯本）乳油1000倍液喷雾防治，隔3～5天1次，连续喷施2～3次，喷药时加些糖醋液（药量的3%）效果更好。
