主要为害叶、花梗,有时也危害绿色茎部。初在寄主表皮下产生椭圆形稍隆起的橙黄色孢斑即夏孢子堆,后表皮破裂向外翻卷散出橙黄色粉末即夏孢子。到晚秋或环境条件不良时则形成黑褐色孢斑即冬孢子堆,多为纺锤形,病部表皮破裂后散发出黑色粉末即冬孢子。发病严重时,葱叶上布满大大小小病斑,造成叶梗干枯。大葱锈病是由真菌侵染引起,通过气流分散传播,也可以通过雨水传播,从叶片的气孔或者直接有表皮侵入。喜欢高湿低温的气候条件,多雾、低温、多雨发病严重。田间肥力不足,大葱生长不良,也是大葱病害发病严重的一个因素。主要是在大葱上有粉红色的孢子。随着病害进展,与病斑相邻处出现新的长椭圆形至纺锤形斑点。斑点隆起后纵向破裂,散出紫褐色粉末(冬孢子)。重症植株的叶片和花梗,呈麦秆色干枯。