1.烧根烧苗。不发酵的畜禽粪便施到农田，会发生“二次发酵”现象。当发酵条件具备时，在微生物活动下，生粪发酵；若发酵部位距根较近或作物植株较小，发酵产生的热量会影响作物生长，引起“烧根、烧苗”，严重时会导致植株死亡。
2.滋生病虫害。粪便中含有大肠菌、线虫等病菌和害虫，直接使用会导致病虫害传播、作物发病，影响食用农产品的人体健康；未腐熟有机物质在土壤中发酵时，容易滋生病菌与虫害，导致植物病虫害爆发。
3.产生毒气。未腐熟的粪便在分解过程中产生甲烷、氨等有害气体，使土壤和作物产生酸害和根系损伤。
4.土壤缺氧。未腐熟的粪便在分解过程中会消耗土壤中的氧气，使土壤暂时性处于缺氧状态，抑制作物生长。
5.养分流失。传统堆沤粪便过程中，由于自然分解、风吹雨淋等原因，氮磷钾等养分浪费严重，一般利用率只有50%左右。
6.肥效缓慢。未发酵腐熟的有机肥料中养分多为有机态或缓效态，不能被作物直接吸收利用，只有分解转化成速效态才能被作物吸收利用，导致肥效减慢。