防治番茄青枯病，效果较好的办法是使用药剂灌根，如用DT加新植霉素或农用链霉素加生根剂。对没发病的番茄可使用上述药剂进行保护性喷雾。已经发病死亡的番茄植株，应拿到棚外焚烧或深埋，同时对土壤进行消毒。青枯病可以通过流水传播，有死棵症状发生的大棚要严禁大水漫灌。适当喷施一些植物生长调节剂或叶面肥，如丰收一号、云大120、爱多收等，可以有效促进番茄植株恢复生长。施肥方面注意少施氮肥，多施有机肥和磷钾肥，以增强植株的抗病力。
防治番茄青枯病应坚持预防为主综合治理。首先选择抗病品种，其次及早喷药进行化学防治。再次对已经枯萎的苗人工拔除掩埋。农业防治方面，实行与十字花科或禾本科作物4年以上轮作。加强栽培管理，选择无病地育苗，带土移栽，减少根部受伤。高温期间禁止稀粪，适当控制浇水。旧苗床育苗要换土或进行药剂消毒处理。定植期、缓苗期及初花期药剂灌根，发现病株及时带离出去，同时药剂喷雾。
