苜蓿的病虫害主要有褐斑病、黑颈病、锈病、白粉病、班螟、小夜蛾、粘虫、蚜虫、红蜘蛛、象甲、金龟子、潜叶蝇等。此外，还包括霜霉病、夏季黑茎病、黑茎和叶斑病、黄斑病、轮斑病、蓟马、育蜻、螟蛾等。可利用药效短、降解快、低毒药剂喷洒防治。