造成兽药残留的主要原因有：一、不正确使用药物，如用药的剂量、给药的方法、用药的范围和禁用的对象等不符合用药规定，药物标签上的用法指示不当。二、没有遵守休药期的规定，在休药期结束前屠宰动物，屠宰前用药掩饰临诊症状，以逃避宰前检查。三、饲料粉碎设备受污染或将盛过抗菌药物的容器用于储藏饲料，以未经批准的药物作为添加剂饲喂动物。四、在上市前未按规定停用含药物饲料添加剂，使用了禁止使用的药物治疗疾病。五、动物个体代谢差异也是导致兽药残留超标的原因。六、违规使用兽用药品，没有按照合理剂量给药，没有按照投药时间给予合理的休药期，甚至投以违禁药品等。