茼蒿常见病虫害包括叶枯病、霜霉病、褐斑病、潜叶蝇、白粉虱、蚜虫等。应以预防为主，通过加强田间管理、保持田园清洁、选用抗病品种等综合措施进行防控。化学防治时，应选用高效、低毒、低残留农药：叶枯病可用50％扑海因或50％多菌灵可湿性粉剂1500倍液喷雾，交替使用；霜霉病可用64％杀毒矾或75％百菌清可湿性粉剂500倍液喷雾；褐斑病可用80％大生或78％科博可湿性粉剂500倍液喷雾，一般7－10天喷一次，连喷2-3次。潜叶蝇可用2.5％辉丰菊酯、4.5％高效氯氰菊酯2000倍液、0.9％虫螨克1500-2000倍液或1.8％虫螨克3000-4000倍液喷雾。蚜虫可用10％蚜虱净乳油1000－2000倍液或4.5%高效氯氰菊酯1500倍液喷雾，兼治白粉虱。采收前15天停止用药。