黑斑病以菌丝在病枝、病叶或病落叶上越冬,翌年早春形成分生孢子盘,产生分生孢子传播危害。分生孢子是初侵染来源之一,主要在病残体上越冬。其发生与日灼病有关,多发生在日灼处,即第二寄生物。风雨天雨滴飞散和雨水反溅可促使病害的发生。辣椒收获后,病菌随病残体留在栽培地越冬,成为翌年的侵染源。病菌以菌丝体或分生孢子在病残体、病组织外或附着在种子表面越冬,成为翌年的初侵染源。借气流或雨水传播,分生孢子萌发可直接侵染,风雨天雨滴飞散和雨水反溅可促使病害的发生。显症后,很快形成分生孢子进行再侵染。种子带菌是远距离传播的重要途径。病菌的寄生能力较弱,过度成熟或生长衰弱的果实容易染病,发生此病与日灼病的轻重有关,多发生在日灼病斑处,制种田块发病较重。