华南地区主要是大斑型,东北、华北则以小斑型为主。主要以菌丝体在种皮内或病残体上越冬,且存活1年以上。播种带菌种子,出苗后即染病,产出分生孢子,在育苗畦内传播蔓延。在病残体上越冬的病原菌,遇适宜温、湿度条件,产出分生孢子器和分生孢子,借风或雨水飞溅将孢子传到芹菜上。遇有水滴存在,孢子萌发产出芽管,经气孔或直接穿透表皮侵入植株,经8天潜育,病部又产出分生孢子进行再侵染。病菌在冷凉天气下发育迅速,高湿条件下也易发生,发生的适宜温度为20~25℃,相对湿度为85%以上。大斑型斑枯病菌为真菌半知菌亚门芹菜小壳针孢,小斑型斑枯病为真菌半知菌亚门芹菜大壳针孢。