眼观变化仅限于小肠,小肠扩张,内充满黄色液体,肠系膜充血,肠系膜淋巴结水肿,小肠绒毛缩短。组织学变化显示空肠段上皮细胞出现空泡形成和表皮脱落,肠绒毛显著萎缩。绒毛长度与肠腺隐窝深度的比值由正常的7:1降到3:1。上皮细胞脱落最早发生于腹泻后2小时。猪流行性腹泻具有特征性的病理变化主要见于小肠。整个小肠肠管扩张,内容物稀薄,呈黄色、泡沫状,肠壁弛缓,缺乏弹性,变薄有透明感,肠粘膜绒毛严重萎缩。25%病例胃底粘膜潮红充血,并有粘液覆盖,50%病例见有小点状或斑状出血,胃内容物呈鲜黄色并混有大量乳白色凝乳块(或絮状小片),较大猪(14日龄以上的猪)约10%病例可见有溃疡灶,靠近幽门区可见有较大坏死区。剖检变化表现为尸体消瘦、皮肤暗灰色。皮下干燥,脂肪蜂窝组织表现不佳。肠管膨胀扩张,充满黄色液体,肠壁变薄,肠系膜充血,肠系膜淋巴结肿胀。