防治南瓜疫病应避免重茬,保持3至5年的轮作期,并控制好灌水,避免积水淹没瓜蔓。在发病后,采用甲霜灵锰或杀毒矾、百菌清、乙磷铝、乙磷锰锌等药剂进行灌根,并间隔7至10天左右一次,施用时可交替使用,提高药效。黄瓜进入生长中后期以田间喷雾为主,防止再侵染;田间发现中心病株后,须抓准时机,喷洒与浇灌并举。及时喷洒和浇灌50%甲霜铜可湿性粉剂800倍液或70%乙膦·锰锌可湿性粉剂500倍液、72.2%普力克水剂600~800倍液、58%甲霜灵·锰锌可湿性粉剂400~500倍液、64%杀毒矾可湿性粉剂500倍粉、60%琥·乙膦铝(DTM)可湿性粉剂500倍液、47%加瑞农可湿性粉剂600~800倍液、56%靠山水分散微颗粒剂600~800倍液、72%克露或克霜氰或霜脲锰锌(克抗灵)可湿性粉剂800~1000倍液、30%绿得保胶悬剂400~500倍液、18%甲霜胺锰锌可湿性粉剂600倍液。此外,于夏季高温雨季浇水前每667平米撤96%以上的硫酸铜3kg,后浇水,防效明显。采收前3天停止用药,对上述杀菌剂产生抗药性的地区可改用69%安克锰锌可湿性粉剂或水分散粒剂1000倍液。发病初期,及时施药防治,可采用以下杀菌剂或配方进行防治:60%氟吗?锰锌可湿性粉剂1000-1500倍液;440g/L双炔?百菌清悬浮剂600-1000倍液;10%氰霜唑悬浮剂2000-2500倍液+75%百菌清可湿性粉剂600倍液;对水喷雾,视病情隔7-10天1次。