棉花黄萎病是危害棉株维管束的病害。在土壤中定植的棉花黄萎病菌，遇上适宜的温、湿度，从病菌孢子萌发出菌丝体，接触到棉花的根系，菌丝体即可从根毛或伤口处（虫伤、机械伤）侵入根系内部。菌丝先穿过根系的表皮细胞，在细胞间隙中生长，继而穿过细胞壁再向木质部的导管扩展，并在导管内迅速繁殖，产生大量小孢子，这些小孢子随着输导系统的液流向上运行，依次扩散到茎、枝、叶柄、叶脉和铃柄、花轴、种子等棉株的各个部位。棉株感病枯死后，棉花黄萎病菌在土壤中能以腐殖质为生或在病株残体中存活，连作棉田土壤中不断积累菌源，就形成所谓的“病土”，此乃年复一年重复侵染并加重发病的主要根源。
棉花黄萎病的传播途径包括：①棉花种子传病，这种现象已在生产实践中得到证实；②病株残体传播：棉田中的病株、病叶、病枝残体可直接落到地里或用以沤制堆肥，是造成再循环传播黄萎病的重要途径，有的当年的病株落叶都会对当年的新棉株、健康棉株造成侵染；③流水和农业操作也会造成病害蔓延；④带菌土壤传播，黄萎病菌在土壤中，能以腐殖质为生或病株残体中休眠，在土壤中能存活长达20～25年之久，连作棉田土壤中不断积累菌量，发病严重。棉田一旦传入黄萎病菌，若不及时采取措施，将以很快的速度蔓延为害（特别是遇雨后）。
