病菌以冬孢子和厚垣孢子在种子内外、田间、土壤及禽畜粪肥中越冬，存活期一年以上，在贮存种子上可存活三年。病菌主要在水稻开花至灌浆期侵染，高峰为盛花期。病菌从花柱进入子房，侵入珠心组织，菌丝在其中生长蔓延，后期形成瘤状突起并膨大为椭圆形或近球形。入侵花器后2天，子房内出现树枝状膨大菌丝，3天后形成雏形冬孢子，4-5天后变褐色，6天后形成小刺，11天后病粒破裂露出黑粉，散落田间或粘附种子上越冬。厚垣孢子抗逆力强，55℃恒温水中浸10分钟仍能存活，通过家禽、畜消化道后仍可萌发。病菌需经过5个月以上休眠，气温高于20℃、湿度大、通风透光时，厚垣孢子萌发产生担孢子及次生小孢子，借气流传播侵入花器或幼嫩种子，在谷粒内繁殖产生厚垣孢子。
水稻孕穗至抽穗开花期及杂交稻制种田父母本花期相遇差时，发病率高且重。雨水多或湿度大、施用氮肥过多也会加重发病。在杂交制种不同组合中，母本内外颖不能闭合的现象称为开颖，开颖率高的组合如献优63（开颖率30%-40%）发病率高。品种间发病率差异较大，汕优63第一年制种田病穗率高达92%，病粒率25.19%。土壤缺磷钾、偏施氮肥的田块易发病，早熟品种较晚熟品种发病重。病原在病残体、病草、谷粒中越冬，条件适宜时产生担孢子，借风雨传播侵入叶片或花器，菌丝在谷粒内蔓延破坏子房，使米粒不能形成，后期形成厚垣孢子，在病粒内或黏附健粒上，或落入土中越冬。