发病后植株的细根首先褐变,随后腐烂消失。切开接近地面部位的病茎,可见维管束轻微褐变,并分泌出白色混浊污汁;主要症状为植株迅速萎蔫、枯死,但茎叶仍保持绿色,挤压病茎褐变部位会有乳白色菌液排出。幼苗子叶期或真叶尚未展开前易受侵染,出土后在茎基部近地面出现水渍状病斑,逐渐变黄、缢缩、凹陷,叶子未凋萎即猝倒,轻提易从病斑处脱落,潮湿时病部可见白色棉毛状霉层。病菌感染种子导致变质霉烂,不能出芽或刚萌芽即腐烂。幼苗发病概率最大,初期根茎部位出现褐色水渍状,病情加重后根茎部位明显收缩,潮湿环境下发病部位及根部地面有白色霉菌,并腐烂。根茎部位收缩变细或腐烂导致地下养分无法传输,幼苗迅速枯萎、头重脚轻,最终倒伏。病菌感染严重时,病株周围幼苗迅速染病,造成成片倒伏。辣椒猝倒病多发生在早春育苗床或育苗盘上,常见症状为烂种、死苗和猝倒。烂种是种子未萌发或刚发芽时遭受病菌侵染而腐烂死亡;死苗是种子萌发后胚茎或子叶未出土前遭受病菌侵染而死亡;猝倒是幼苗出土后、真叶尚未展开前,幼茎基部发生水渍状暗斑,绕茎扩展后缢缩呈细线状,幼苗地上部失去支撑能力而倒伏,苗床湿度大时病苗或其附近床面密生白色绵絮状菌丝。幼苗染病后茎基部出现水渍状病斑,病情发展后病部绕茎一周形成缢缩,子叶未凋萎即突然折倒贴伏地面,植株仍保持青绿色。干燥时,水腐茎部干枯、缢缩呈线状。发芽期染病严重时造成烂种烂芽,幼苗无法出土,湿度大时病株附近长出白色棉絮状菌丝。