棉花立枯病又称烂根、黑根病，是阿克苏地区棉花苗期的主要病害。棉花播种后一个月内若遇持续低温多雨，特别是寒流，常诱发立枯病严重发生。棉苗未出土前，病菌常侵染幼根、幼芽，造成烂芽、烂种；棉苗出土后，在接近地面幼茎基部呈现黄褐色斑点，日渐扩大，产生凹陷内缩，凹陷部因失水过多而成缢缩状，然后变成黑褐色腐烂，严重时可致枯死，造成棉花缺苗断垄，甚至毁种重播，对棉花影响很大。
病菌主要以菌丝体和菌核在土壤中或病残体上越冬，较少以菌丝体潜伏在种子内越冬。但在收花前遇低温多雨年份棉铃染病时，病菌侵入铃内，造成种子带菌。初侵染源主要为带菌的土壤。在干燥条件下，病菌可保持活力2〜6年，在高温潮湿条件下只能存活4~6个月。病菌遇适宜条件和寄主，菌丝在寄主表皮细胞形成侵染，也可从伤口及自然孔侵入，导致组织坏死变褐。病死植株的皮层组织充满菌丝和菌核，成为重要的再侵染源。病菌借灌溉水、地下害虫及农事操作传播。阴雨多湿天气有利于立枯病发生。地势低洼或土质黏重的棉田易发病，播种过早、地温低、幼苗生长缓慢及排水不良时发病重。
发病条件包括：(1)苗床低洼，背阴、高温、高湿易发病；(2)大田种植密度大、株行间郁闭，氮肥施用过多，生长过嫩的发病重；(3)田间病残体多易发病，土壤疏松、偏酸、腐殖质多的田块易发病；(4)种子带菌、肥料未充分腐熟、有机肥带菌或肥料中混有本科作物病残体的易发病；(5)大田地势低洼积水、排水不良、土壤潮湿易发病，低温、高湿、多雨易发病。
棉种萌发前侵染而造成烂种，萌发后未出土前被侵染而引起烂芽。棉苗出土后受害，初期在近土面基部产生黄褐色病斑，病斑逐渐扩展包围整个基部呈明显缢缩，病苗萎蔫倒伏枯死。病菌以分生孢子在棉籽短绒上越冬，少数以菌丝体潜伏于棉籽种皮内或子叶夹缝中越冬，种子带菌是重要的初侵染源。病部产生分生孢子借风雨、昆虫及灌溉水传播。棉铃染病病菌侵入棉籽。发病的叶、茎、叶落入土中，造成土壤带菌，引起苗期发病，又可经雨水冲溅侵染棉铃，引起发病。
