发病初期，果面上产生水浸状淡褐色斑点，逐渐扩展后形成8~20毫米圆形、近圆形病斑，病斑棕黄褐色、凹陷，病斑上微现橙红色小点，略呈同心环状排列。湿度大时，病斑表面常有些粉红色黏质物溢出。发病严重时，整个果实可烂掉。辣椒炭疽病主要危害接近成熟的果实和叶片。
果实染病后，最先出现湿润状、褐色椭圆形或不规则形状的病斑，患病部分会稍显凹陷，斑面出现明显环纹状的橙红色小粒点，后转变为黑色小点，此为病菌的分生孢子盘。天气潮湿时溢出淡粉红色的粒状粘稠状物，此为病菌的分生孢子团。天气干燥时，病部干缩变薄成纸状且易破裂。
叶片染病后，受害初期，病斑为点状淡绿色，后扩大为褐色接近圆形，周围呈黄绿色，病斑直径约1毫米。后期病斑中间常破裂，病叶早落。在雨后或湿润时，病斑上常产生粉红色分生孢子堆或黑色小点。叶片染病多发生在老熟叶片上，产生近圆形的褐色病斑，亦产生轮状排列的黑色小粒点，严重时可引致落叶。
茎和果梗染病，出现不规则短条形凹陷的褐色病斑，干燥时表皮易破裂。
