小麦根腐病属于常见的真菌性病害，会从苗期危害至中后期，影响生长。因此，在播种时应适时播种，并在发病前使用苯菌灵进行预防。发病后可使用甲基硫菌灵、络氨铜水剂、丙森锌等药剂进行喷雾防治。
1.轮作倒茬。如果某个地块根腐病发生严重，且多种药剂防治效果不理想，可以轮作倒茬种植几年，降低根腐病菌在土壤中的存活量。
2.播种管理。播种要适时，既要避免苗弱、苗黄，又要控制旺长，同时整地质量的好坏也能起到一定的预防效果。
3.播前拌种。播前拌种是预防根腐病的有效措施，可用多菌灵、福美双、苯醚甲环唑、咯菌腈等，通常与杀虫剂一起拌种，既能防虫又能防病。
4.合理施肥。从底肥开始，避免过度追求某一元素，如氮肥，要合理施肥。除了氮磷钾外，中后期可补充中微量元素，结合农家肥施用效果更佳。
首先选择适合当地的抗根腐病品种，其次施用酵素菌沤制的堆肥或腐熟的有机肥，在麦收后进行耕翻灭茬，同时与马铃薯、油菜等进行轮作。适时播种也是重要措施。
小麦种植应选择抗病品种，播种前可用12.5%烯唑醇乳油、50%代森锰锌可湿性粉剂、50%多菌灵可湿性粉剂、50%福美双可湿性粉剂、15%三唑酮可湿性粉剂、22%萎锈灵可湿性粉剂或50%退菌特可湿性粉剂进行拌种，用量为种子重量的0.2%～0.3%。
发病初期可喷施20%三唑酮乳油2000倍液或25%敌力脱乳油1500倍液，7～10天后再喷1次进行防治。田间一旦发现腐烂或烂苗，应及时清除，尤其是秸秆还田后要翻耕埋入地下。
