西红柿根腐病发病特点是病源属半知菌亚门真菌。病菌在土壤中越冬，并可存活5～6年。在苗床内传播主要是带菌的土壤、肥料、农具和浇水等。病菌从幼苗伤口侵入，再借风、浇水传播。高温、高湿是此病发生、流行的关键。苗床连茬、地面积水、施用未腐熟的肥料、地下害虫多、农事活动造成根部伤口多的地块发病较重。
预防西红柿根腐病的方法如下：按8至10克/平方米的用量，将多菌灵可湿性粉剂均匀撒在畦面上，然后放缓水冲施，使药剂渗入地下。如果植株已感染根腐病时，可用90%敌克松粉剂500至1000倍液灌根，每棵0.25至0.5公斤即可。发病初期也可以用50％根腐灵可湿性粉剂800倍液或12．5％增效多菌灵浓可溶剂200倍液灌根，隔7～10天1次，连续灌2～3次。加强肥水管理，控制基肥，合理追肥。连续低温阴雨后，抢晴用甲霜灵800倍液灌根，每株50～100克。对于染病的初发期用农利来700～800倍液灌根，每株100～150克。
可用72.2%普力克水剂400～600倍液浇灌苗床(每平方米用药液量2～3公斤)；或在移栽前用72.2%普力克水剂400～600倍液浸苗根，也可于移栽后用72.2%普力克水剂400～600倍液灌根。
