稻曲病主要以菌核在土壤中越冬,翌年7~8月间萌发形成孢子座,孢子座上产生多个子囊壳,其内生成大量子囊孢子和分生孢子;也可通过厚垣孢子附在种子上越冬,条件适宜时萌发形成分生孢子。孢子借助气流传播散落。稻曲病通过种子带菌或土壤中残留的稻曲病菌核,在温湿度适宜时,病菌萌发的分生孢子借助气流或雨水传播侵染为害。病菌通常在水稻破口前萌发,开花至乳熟期侵染水稻穗部花器或幼颖引发病害。稻曲病的发生除与品种抗病性有关外,还与施肥、抽穗期间的温湿度及降雨量密切相关。水稻在抽穗开花期气温为24-32℃、田间湿度90%以上时易发病,氮肥偏施、迟施或抽穗开花期间阴雨天气多、降雨量大、田间郁闭、光照不足、露水重、雾日数多也易导致病害发生。