切花百合应在充分成熟但不过分成熟时采收。有10个或更多花蕾的茎必须至少有3个花着色，有5~10个花蕾的茎必须有2个花蕾着色，有5个以下花蕾的茎必须有1个花蕾着色后才能采收。过早采收着色不好，过晚则花开放快不宜销售和运输。采收时间一般在早上，以减少脱水，采收后室温存贮不宜超过30分钟。
采收后按每支茎花蕾数目、茎的长度和坚硬度以及叶子与花蕾是否畸形进行分级，捆绑成束，茎基部10厘米的叶子应摘掉。收获部位为百合的带梗花序，花蕾膨大变白时即可采收，剪口位置不可过低，最好保留20～40厘米长的茎秆，以利鳞茎继续生长。大面积生产者可使用锋利镰刀加快采收速度，操作最好在上午气温较低时进行，产品暂放无日光直射处，尽快预冷处理。
秋采在10月上中旬，气温降至12度以下，鳞茎不再增重，基本达到成品百合质量标准时收获；春采在3月中下旬。采挖时用铁锨深至鳞茎底部，顺行依次挖取。挖出的百合除去枯萎茎叶，摘下小鳞茎种球，将成品百合泥土擦净，须根剪短至1厘米，分级后贮藏待售。