合理选择茬口与轮作，实行高畦垄作栽培。有条件的地方可与十字花科、百合科蔬菜轮作，时间3-5年。高畦栽培，平整土地，防止大水漫灌，雨后及时排水。苗期发病害及时松土，增强土壤透气性。采用嫁接技术，能有效控制茄子根腐病的发生。
用50％多菌灵可湿性粉剂，或50％苯菌灵可湿性粉剂2千克拌细土30~40千克制成的药土在定植前均匀撒入定植穴中。在发病初期用药液灌根，一般每株灌药液0.2~0.3升，每7~10天灌1次，连续灌2~3次。药剂可用：50%多菌灵可湿性粉剂500倍液、或50%苯菌灵可湿性粉剂800倍液、或50%甲基苯菌灵可湿性粉剂500~800倍液、或硫酸铜2000倍液等。
根腐病这样的土传病害，要以预防为主。如果该地块发生根腐病的情况比较严重，又不想轮作的情况下，在种植茄子时，提前给土壤进行消毒处理。合理施肥，除了茄子生长必须的氮肥外，还要注重磷肥、钾肥的使用，同时，结合腐熟的农家肥，多方面综合性的合理施肥，也能预防部分根腐病的发生。
在茄子收获后以及第二年茄子种植前，对田间的病残体要及时清理，尤其是发生根腐病的地块，当茄子成熟收获以后，田间掉落的病残体要及时清理出田外，减少越冬场所，减少田间病菌数量。在田间进行农事活动时，要注意不要造成根部、茎部的损伤，避免植株上出现伤口，以此来减少根腐病的感染，起到预防的效果。
