发病症状有三种类型：花叶型、丛簇型、条斑型。通过田间察看病株，发现顶部叶片出现黄绿斑驳、颜色浓淡相间、新叶皱缩、植株生长受到一定抑制、坐果率下降。植株矮化，叶片呈黄绿相间的斑驳花叶，叶脉上有时有褐色坏死斑点，主茎和枝条上有褐色坏死条斑。植株顶叶小，中、下部叶片易脱落。
辣椒病毒病主要有两种类型：一种是花叶坏死型，病叶呈现明显的浓绿与浅绿或黄绿相间的花叶症状，部分品种叶片出现坏死斑，引起落叶、落花、落果，严重时整株死亡。另一种为叶片畸形和丛簇形，发病期间叶片褪绿，出现斑驳、花叶、叶片皱缩，凸凹不平，变小、变窄，呈线状，茎节间缩短，有时叶片丛生呈簇状，植株矮化，果实现深绿与浅绿相间的花斑，果小，变畸形，易落花、落果、落叶。
典型症状是病叶、病果出现不规则退绿、浓绿与淡绿相间的斑驳，植株生长无明显异常，但严重时病部除斑驳外，病叶和病果畸形皱缩，叶明脉，植株生长缓慢或矮化，结小果，果难以转红或只局部转红，僵化。辣椒花叶、条斑病毒病主要表现为花叶、叶片黄化、叶片畸形、叶片和果实坏死等症状。
发病条件一般是有传播媒介即刺吸式口器的害虫，如蚜虫、灰飞虱、白粉虱、烟粉虱等，也可通过农事操作传播。空气相对干燥有利于病毒病的发生。
