农产品生产过程中投入品的质量必须有三证，农药使用中必须用低毒低残留农药，使用后必须在安全间隔期以后采摘上市，销售、运输过程中包装运输等工具必须符合要求。
农业种养殖过程可能产生的危害包括：因投入品不合理使用或非法使用造成的农药、兽药、生长调节剂、添加剂等有毒有害残留物；产地环境带来的铅、镉、汞、砷等重金属元素，石油烃、多环芳烃、氟化物等有机污染物等。农产品保鲜包装储运过程可能产生的危害包括：贮存过程中不合理或非法使用的保鲜剂、促熟剂，不合格的包装运输材料中释放的有毒有害化学物等。农产品自身的生长发育过程中产生的危害包括：黄曲霉毒素、赤霉素、沙门氏菌、禽流感病毒等。农业生产中新技术应用带来的潜在危害包括：外来物种入侵等。
主要问题包括：农药、化肥过量使用，农药残留超标；农民素质低；重金属超标；致病微生物侵染；添加剂违规使用；激素滥用。
产生这些问题的原因包括：市场经济下强烈的利益驱动；农产品信息不完全导致市场机制失灵；工业化对传统农业生产的巨大影响；收入水平提高后对生命安全、生活质量更加关注；农产品生产经营方式不相适应。