辣椒软腐病属细菌性病害，病菌随病残体在土壤中越冬，随雨水、灌溉水在田间传播，成为翌年田间发病的初侵染源，病菌通过蛀果害虫继续传播，由果实伤口侵入，导致病害流行。管理粗放、低洼潮湿地块发病重，阴雨连绵的天气，会加重软腐病的发生。
防治措施包括：(1)实行与非茄科及十字花科蔬菜进行2年以上轮作。(2)及时清洁田园，尤其要把病果清除带出田外烧毁或深埋。(3)培育壮苗，适时定植，合理密植。雨季及时排水，尤其下水头不要积水。(4)保护地栽培要加强放风，防止棚内湿度过高。(5)及时喷洒杀虫剂防治烟青虫等蛀果害虫。加强对棉铃虫等蛀果害虫的防治，蛀果害虫会在果实上造成伤口，引发病害。可用5%功夫乳油5000倍液，或20%多灭威2000～2500倍液，或4.5%高效氯氰菊酯3000～3500倍液。(6)杀菌农药防治，雨前雨后及时喷洒72%农用硫酸链霉素可溶性粉剂4000倍液，或嘧啶核苷类抗菌素1000倍液、50%琥胶肥酸铜可湿性粉剂500倍液、77%可杀得101可湿性微粒粉剂500倍液、38%恶霜菌酯水剂800倍液。
辣椒软腐病主要通过种子带菌和病残体在土壤中越冬构成初侵染源发病，发病后通过降雨、雨水、水流、农事操作传播扩散，在连续阴雨天气和高温潮湿的环境条件下容易发生。病菌常随同病株和病残体在土壤、堆肥和留种株上越冬，并借助虫体侵蚀伤口，是广泛存在于蔬菜种植作物中的常见病虫害。该病菌最适合在温度25-30度、湿度较大的环境中繁殖发病，在使用退化品种、重茬种植地、土壤黏性性重、地势低洼积水、田间湿度大、种植密度高、苗株长势弱、偏施氮肥、通风透光环境差的地块上，辣椒软腐病的发病率高、危害重。在蚜虫、蓟马、粉虱、棉铃虫等刺吸口虫害多的种植地上，会导致辣椒软腐病短期内爆发流行。该病菌可以通过寄藏在土壤中越冬，次年温湿度适宜时，可以借助雨水、刺吸口类害虫传播。
