苗期主要有猝倒病，发现病株后应及时清除并撒施药土。可用35%多菌灵拌细土25千克撒施，或用50%多菌灵1000倍液、50%代森铵1000倍液或70%百菌清800倍液喷雾。病斑初呈水渍状浅褐色，后变棕褐色并迅速绕茎一周，湿度大时长出白色絮状霉，干后呈灰白色，最终病苗立枯死亡。
成株期主要发生在距离地面5～22cm处的茎部及分杈处，病斑绕茎一周后向上扩展，湿度大时亦产生白霉，后期茎部皮层霉烂，髓部解体成碎屑，病茎表面或髓部形成黑色鼠粪状菌核。干燥时植株表皮破裂，纤维束外露似麻状。
辣椒菌核病由核盘菌引起，主要危害茎基部，也能危害茎、叶、叶柄、花、果实和果柄。该病可发生在辣椒的整个生育期，但主要发生在开花期至挂果期，引起全株性枯萎死亡。
