辣椒黑斑病在发病初期，果实上会出现不规则形病斑，淡褐色，稍凹陷。一般果实上生1个大病斑，直径10～20毫米，病斑上生有黑色霉层。防治方法包括选用抗病品种、合理轮作、种子处理、苗床消毒、适时播种、培育壮苗、适时移栽、合理密植、加强肥水管理、发病初期及时用药防治以及清洁田园等。
种子消毒可用55摄氏度恒温水浸种15分钟后，立即放入冷水中冷却，捞出后播种；也可用40%多菌灵悬浮剂浸种30分钟。农业防治包括轮作倒茬，施足有机肥，严防大水漫灌。保护地栽培要通风透气，排湿降温。
药剂防治方面，发病前或发病初期，可喷洒68%精甲霜锰锌水分散粒剂600倍液。保护地栽培，每亩可喷洒5%百菌清粉剂1kg。发病初期，选用10%赛世水分散剂1500倍液，或50%异菌脲可湿性粉剂1000倍液，或80%代森锰锌可湿性粉剂600-700倍液，或75%百菌清可湿性粉剂600倍液，或36%锰锌·霜脲悬浮剂600倍液，或40%波尔多精可湿性粉剂900-1000倍液，每隔7-10天喷1次，连续2-3次。
