灭活疫苗的缺点包括：在灭活过程中可能损害或改变有效的抗原决定簇，导致免疫效果维持时间短且不产生局部抗体。此外，接种剂量大、次数多，可能引发发热、全身或局部反应，甚至产生毒性或潜在的对机体不利的免疫反应。免疫效果会随时间下降，需要定期加强接种以增加抗体水平。贮存和运输条件要求较高，通常需要在-15℃以下进行，限制了其广泛应用。免疫效果还可能受免疫动物用药状况的影响，因为活疫苗弱毒株在机体内增殖后才能产生免疫保护力，此期间使用药物会干扰免疫效果。最后，灭活疫苗的成本较高，需要大量的抗原量，且接种途径受限，主要通过皮下或肌内注射进行。