引起番茄畸形果的原因主要有：
1.温度不合适。在番茄花芽分化期，温度过高或过低都会影响正常的花芽分化，导致后期畸形果的出现。例如，冬季花芽分化夜间温度不得低于12℃，夏季白天不宜超过30℃。但夏秋季节高温常超过35℃，易造成畸形果。
2.蘸花操作不当。蘸花激素浓度过高，尤其在高温时期，应适当降低浓度，否则易形成畸形果。蘸花时间不当也会导致问题，过早易形成僵果，过晚则引起裂果。
3.养分失衡。番茄生长发育需要多种养分，缺乏某些养分（如钙、硼等）易造成畸形花、畸形果。营养生长过晚或果期遇连续阴雨天气，易使植株徒长，影响生殖生长，导致花果养分不足，形成畸形果。
4.品种影响。畸形果的发生与番茄品种特性密切相关，鲜食番茄大果型品种发病较重。
5.低温影响。花芽分化和发育期连续5~6天遇到3~4℃的低温夜，极易产生畸形果。
6.苗期拉长。苗期过长也会增加畸形果的发生率。
7.施肥不合理。氮肥过多会使花芽过度分化，心室数目增多，形成多心室畸形果。
8.水肥管理不当。缺硼、钙元素会加剧果实畸形病的发生。
9.花期生长素使用不当。花期使用生长素浓度过高，或点花后花朵尖端残留多余激素水滴，使果实不同部位发育不匀，引起子房畸形发育。
10. 苗期环境不适。春番茄苗期低温阴雨、光照不足或秋番茄苗期遇高温，影响花芽分化，增加第1~2花序的畸形果率。
