水稻纹枯病的发生原因主要包括种植制度、气候和水肥因素。种植制度方面，水稻纹枯病主要通过土壤中越冬的菌核、病草、病蔸以及田边、沟边杂草上的菌丝作为初侵染源。气候因素方面，高温高湿是病害流行的主要条件，气温在22℃以上、相对湿度97%时开始发病，25-31℃和饱和湿度最有利于病害流行。水肥管理方面，不科学的用水方式如长期深水漫灌，以及偏施、重施氮肥导致田间小气候恶化，是病害发生和流行的重要原因。
水稻成熟期易发的病虫害中，纹枯病在田间湿度大、稻飞虱为害重的田块尤为常见。纹枯病适宜在高温高湿条件下发生和流行，前期雨日多、湿度大、气温偏低时病情扩展缓慢，中后期湿度大、气温高时病情迅速扩展，后期高温干燥则抑制病情。气温20℃以上、相对湿度大于90%时病害开始发生，28-32℃且遇连续降雨时病害发展迅速；气温降至20℃以下、相对湿度小于85%时，发病迟缓或停止。长期深灌、偏施或迟施氮肥导致水稻郁闭、徒长，进一步促进纹枯病的发生和蔓延。
