辣椒菌核病危害症状：发病初始为褐色水渍状斑，后病斑绕茎变黄。湿度高时病部长出一层白色棉絮状菌丝体，软腐无气味；田间湿度低时，病斑呈灰白色，稍凹陷，易折断。受害后茎杆内髓部受破坏，腐烂而中空，剥开可见白色菌丝体和黑色菌核。
苗期发病在茎基部呈水渍状病斑，以后病斑变浅褐色，环绕茎一周，湿度大时病部易腐烂，无臭味，干燥条件下病部呈灰白色，病苗立枯而死。
本病多从主茎或侧枝基部发生，开始发病部位呈水浸状淡褐色、稍凹陷病斑，后来病部变灰白色或灰色，干缩状，湿度大时病部长出白色絮状霉层，皮层很快腐烂。病茎表皮及髓部易形成菌核。
叶片发病，会产生水浸状褐色轮纹病斑；花受侵染后，出现水浸状腐烂、脱落。果实发病，病部褐色腐烂，表面长有白色霉层，后形成菌核；病果腐烂脱落或形成僵果。
成株期主要发生在主茎或侧枝的分杈处，病斑环绕分杈处，表皮呈灰白色，从发病分杈处向上的叶片青萎，剥开分杈处，内部往往有鼠粪状的小菌核。果实染病，往往从脐部开始呈水渍状湿腐，逐步向果蒂扩展至整果腐烂，湿度大时果表长出白色菌丝团。
