治疗水霉病的有效方法有两种：一种是使用鱼药亚甲基蓝，配合升温，对已感染水霉的鱼有治疗作用；另一种是使用盐水和升温，可以用3%浓度的盐水擦掉鱼身上的白毛，然后用4/1000水每天浸泡半小时，或用3%的盐水浸泡5分钟，配合升温，也能有效治疗水霉病。