生态农业系统主要由环境、生物、技术、输入和输出五个部分组成，是开放式的，其发展方向是为人类提供更多、更好的农产品。生态农业系统与经济效果相联系，可持续发展的经济效果是其重要标志。生态农业系统装备的是保护环境的技术，采用设施农业设备，利用优质高产品种，施用有机肥（种植绿肥作物、建沼气池生产沼肥、生产生物肥）和生物及生物药品防治病虫害，不使用或少使用无机物如农药、化肥。传统农业系统则采用传统的耕作模式，以消耗自然资源和破坏生态平衡来实现产品的增产，如利用无机肥增产，用污染环境的农药防治病虫害，开荒毁林增加土地面积来实现产量增加。生态农业的目的在于协调经济发展与环境保护之间、资源利用与保护之间的关系，形成生态上和经济上的良性循环，实现农业的可持续发展，与传统农业只注重粮食产量的提高有着本质的区别。生态农业不同于传统农业最明显的地方是生态农业所使用的化肥是有机肥、药物毒害作用小，易分解，易转化的药物。