种植抗耐病品种,选择株形紧凑、尖叶或叶片上举、通风透光性能好的品种相对耐病。病区必须避免大豆连作或与向日葵、油菜等寄主作物轮作或邻作,一般与非寄主作物或禾本科作物实行三年以上的轮作可有效地降低菌核病的发生。发病地块要单独收获,及时清除田间散落的病株残体和根茬,减少初侵染源。根据品种的特性合理密植,不要过密。精选种子,清除混杂在种子间的菌核。发病严重的地块,实行秋季深翻,将落入田间的菌核埋入土壤深层,促进病株残体尽早腐烂。与非寄生作物如禾本科作物轮作3年以上,尽量不与向日葵、油菜等十字花科蔬菜以及菜豆、绿豆、花生、胡萝卜连作。选择优良、早熟、抗病的品种。于发病初期及时叶面喷药,可用药剂包括50%腐霉利(速克灵)可湿剂1000倍液,40%菌核净1000倍药液,50%甲基托布津500倍液,40%纹枯可湿性粉剂800~1200倍液喷雾或隔7天再补喷1次。