防治烤烟黑胫病的措施包括:选种抗病品种;与禾本科作物及甘薯轮作3年以上或水旱轮作;推广高垄栽培育苗,垄高30-40cm,起垄开沟栽培,防渍防涝;适时早栽,避开雨季和高温多雨易发病季;及时中耕除草、注意排灌结合,降低田间湿度;及时拔除病茎、病叶烧掉或深埋。药剂防治方面,苗床在移栽前用58%甲霜灵锰锌可湿性粉剂500倍液均匀喷雾。移栽后1个月内,零星发病时,用高科30%甲霜恶霉灵600倍液喷雾叶面或去掉喷头喷淋茎基。或在移栽时,每亩用95%敌克松100~200克拌细土5千克,将药土撒施于烟株茎基周围,并用土封实。移栽后或培土前可喷58%甲霜灵锰锌、95%敌克松可湿性粉剂500倍液。此外,乙磷铝、杀毒矾等新型高科药剂对黑胫病也有较好的防治效果。