小麦茎基腐病主要危害小麦茎基部1、2节叶鞘和茎。发病初期，小麦幼苗茎基部的叶鞘上出现褐色斑点，在适宜的温湿度条件下，病斑逐渐扩大至整个节间，使整个叶鞘染病，造成基部叶片因无法获得水分和养分，提早变黄干枯。春节过后，随着温度升高，田间湿度增大，病情迅速发展，病斑开始逐渐侵染茎基部1～2节，茎部出现褐色或黑褐色病斑，病斑逐渐向四周扩大，当病斑绕茎一周，小麦地上部分无法获得生长发育所需的养分和水分后，刚刚抽穗的植株开始逐渐枯死，田间出现大量的白穗。中后期湿度大时，发病部位变为黑褐色，出现红色或白色霉层。
小麦茎基部叶鞘受害后颜色渐变为暗褐色，无云纹状病斑，容易和小麦纹枯病相区别。随病程发展，小麦茎基部节间受侵染变为淡褐色至深褐色，田间湿度大时，茎节处、节间生粉红色或白色霉层，茎秆易折断。病情发展后期，重病株提早枯死，形成白穗。
小麦茎基腐病的主要侵染部位为小麦的茎基部位与根部，同时，从小麦分蘖期到成熟期均有可能发生。最早出现在11月中下旬，地面以上叶面发黄，茎基部出现褐变。病苗基部叶片呈现桔黄色斑驳，中上部叶片呈紫红色，心叶褪绿变成淡黄色，有的扭曲皱缩甚至枯死。重病田麦苗显著矮缩，叶片变宽，株形松散匍匐，分叶减少，根系发育不良。发病植株一般在基部1-2茎节变为褐色，严重时会延伸至第6茎节，但不会影响到穗部。在雨水潮湿条件下，茎秆上、特别是茎基部会出现红色或白色的霉层。
