病菌以菌核在土壤中和病株残余组织内混杂在种子中越冬或越夏,一般可存活2年左右。在环境条件适宜时,菌核萌发产生菌丝体和子囊盘,子囊盘释放出的子囊孢子借气流传播到植株上,引起初次侵染。病菌很难直接侵染生长健壮的植物茎叶,通常是在衰老的叶片组织或未脱落的花瓣上穿过角质层直接侵入;侵入后病菌破坏机组的细胞和组织,扩散和破坏邻近未被病原物侵染的组织,并通过病、健株间的接触,进行重复侵染。病叶、茎与植株健部间的接触,带病花瓣落在植株健部,病菌就可以扩散而使健全的茎、叶及果实发病。番茄菌核病的主要发病盛期在1-6月及10-12月,常年春季比秋季发生重。年度间早春多雨,寒流侵袭作物受冻、天气忽冷忽热变换频繁或梅雨期间多雨的年份发病重;秋季晩秋温度偏高、多雨的年份发病重;田块间连作地、排水不良地发病较早较重;栽培管理上种植过密、通风透光差氮肥施用过多、茎叶过嫩或受霜害、冻害和肥害的发病重;中管棚保护地及温室栽培关棚时间过长、通风换气少、大水大肥浇灌的发病重;品种间残留花多的、茎叶柔嫩多毛的品种易感病。