焚烧秸秆将降低土壤肥力，致使耕地贫瘠化。秸秆中含有的氮、硫等元素大部分转化为挥发性物质或颗粒而进入大气，只有钾元素等部分物质得以保留，营养元素损失严重，非常不利于土壤培肥。焚烧秸秆可带走土壤水分破坏土壤墒情，并破坏土壤微生物群落。虽然焚烧秸秆可消灭部分病虫，却使某些病虫害加重。焚烧农作物秸秆对土壤没有直接危害，但污染大气，浪费资源，将秸秆中的养分浪费掉。如果能够秸秆还田，是比较好的举措。焚烧秸秆对土壤有利无害，但对大气环境造成污染，杂草秸秆残茬不除直接影响种植作业。国家政府必须出台管理办法才行。