芹菜主要病害有叶斑病、斑枯病、假黑斑病、菌核病、黄化病、软腐病、病毒病、根结线虫病、缺钙心腐病、空心症、茎开裂及缺硼症等。芹菜主要虫害有蚜虫、菜青虫、夜蛾类、斑潜蝇、甜菜夜蛾、斜纹夜蛾、蓟马、粉虱及地下害虫等。