黄瓜萎蔫可能由多种原因引起，包括尖镰孢菌侵染、土壤酸化盐渍化板结、根病如根腐病、枯萎病、青枯病、茎基腐疫霉等，以及肥水管理不当和温湿度调控不科学。尖镰孢菌能侵入黄瓜的根颈部，寄生于维管束内，阻碍水分和养分的吸收，导致系统性病害。该病菌能在土壤、病残体和种子上越冬，并通过土壤、种子、农具、肥料、灌溉水、昆虫等媒介传播，通过根部的伤口和根毛顶部的细胞间隙侵入，在维管束中繁殖并向上扩散，堵塞导管，产生毒素导致细胞死亡，最终使植株萎蔫枯死。
此外，高温暴晒、缺水干旱或水多沤根、感染蔓枯病、枯萎病、虫害侵袭等也可能导致黄瓜萎蔫。温度变化剧烈，特别是阴晴交替的天气，会导致叶片蒸腾作用加剧，根系吸收的水分不能满足蒸腾作用，进而导致植株萎蔫，严重的出现死棵。根系生长不良，如浇水过勤、水量大导致沤根，发生根腐病等病害导致根系腐烂坏死，以及土壤状况差导致根系浮在土壤表层，毛细根少，出现弹簧根等情况，也是植株萎蔫死棵的重要原因。
