防治谷子锈病应采取以抗病品种为主的综合措施。目前已有一批抗病性较好的品种，可供选用。引进的品种在大面积种植前，应行抗病性鉴定或试种。还应加强栽培管理，适期播种，合理密植，施用氮肥不要过多、过晚，防止植株贪青晚熟；要合理排灌，低洼地雨后及时排水，降低田间湿度。感病品种在气候适宜谷子锈病流行的年份应行药剂防治，三唑类药剂效果较好。
在谷子生长成熟收割后，及时对田间的病残叶与杂草进行清理，集中异处处理，减少谷子绣病病原孢子的数量。在谷子种植时避免年年重茬，减少锈病的发生率，要进行轮作，常与豆类作物进行轮茬，豆类可改善土质结构，从而使土质疏软。在种植谷子的时候，挑选地势高，阳光充足，排水良好，通风顺畅的地块，在夏季高温多雨时，防治地块过于潮湿，有利于阻止谷子锈病的发生。对种植的种子或土壤采用杀菌剂，适量拌种或者土壤消毒，降低土壤中的锈病菌数量。调整水肥量，增加磷钾肥的施用量，防止植株贪青晚熟。在谷子生长期，遇到高温多湿季节，可采用粉锈宁或嘧菌酯或戊唑醇，配合磷酸二氢钾，一周叶面喷施一次，预防2~3次。
