根腐病主要危害西红柿根部，发病初期于主根和茎基部产生褐色斑，后逐渐扩大、凹陷，严重时主根变褐腐烂，导致地上部逐渐枯萎。纵剖茎基部或根部，维管束变为深褐色，之后根茎腐烂，不生长新根，发病后期，病株多枯萎而死。治疗根腐病的药剂有很多，可以使用瑞苗清2000倍液加硝基腐殖酸铜600倍液对根茎部进行喷淋间隔10至15天再喷施一次。简单防治可以采取农业防治方法例如：与禾本科轮作、增施充分腐熟发酵好的有机肥、采用抗病品种、底施防治真菌药剂、施用微生物菌肥、微量元素进行防治等。
适期定植，提高根系活力，主栽的大果型品种以8～9叶苗初现花蕾定植为好，过小不利于开花坐果，过大则影响根系生长，以11月下旬前定植较合理，太迟则在定植后易碰到连续低温，引发根腐病。加强保温，预防根系受冻，大棚番茄越冬除了外棚应用6～8S多功能膜外，在1～2月还要在棚内加盖2层3S的多功能膜并确保晚间的严密覆盖。在11月中旬的调查中也发现根腐病重发田块的保温条件都较差，从而导致根系受冻，为病菌的侵染创造了条件。选用良种一般来说，现在的当家品种与原来的常规品种相比，其生长势、耐寒性、耐湿力都有了明显的提高。
农业措施包括做好苗床土壤消毒工作，培育无病壮苗。平整土地，做好排灌系统、高畦栽培。重病地与非茄果类、瓜类蔬菜实行3年以上轮作。加强水肥管理，适时适量灌水，浇小水，切忌大水漫灌。雨后及时排水，浇水后及雨后适时中耕松土。施用充分腐熟的粪肥，增施磷、钾肥，避免肥料施用不当烧伤根系。初见发病植株及时拔除烧毁。
药剂防治方面，发病初期及时进行药剂防治，使用乾农“万稼能银离子”微生物菌剂进行防治，历经多年的大面积田间使用数据表明，对由重茬病害、土传病害，根腐病，病毒病害、死苗，烂根，死棵，立枯病、猝倒病等作物根部病害，都有很好的防治效果。
