主要危害茎、叶和果实。病叶早期在叶背出现水浸状小斑，逐渐扩展成近圆形或连结成不规则形黄褐色病斑，粗糙不平，病斑周围有褪绿晕圈，后期干枯质脆。茎部先出现水浸状褪绿斑点，后上下扩展呈长椭圆形，中央稍凹陷的黑褐色病斑。病果表面出现水浸状褪绿斑点，逐渐扩展，初期有油浸亮光，后呈黄褐色或黑褐色木栓化、直径0.2-0.5厘米大小近圆形粗糙枯死斑，有的相互连结成不规则形大斑块，果柄与果实连接处受害时，易落果。
番茄的叶、茎、果均可发生疮痴病。初生病斑为水浸状暗绿色斑点，扩大后形成近圆形或不整形边缘明显的褐色病斑，四周具黄色环形窄晕环，内部较薄，具油脂状光泽。茎部染病出现水浸状暗绿色至黄褐色不规则形病斑，病部稍隆起，裂开后呈疮痴状。果实染病主要为害着色前的幼果和青果，初生圆形四周具较窄隆起的白色小点，后中间四陷呈暗褐色或黑褐色，形成边缘隆起的疮痴状病斑。
