农业防治
实行轮作。有计划地轮作，能有效降低土壤含菌量，减轻病害发生。
改良土壤。
优化栽培方式。采用高垄或半高垄栽培方式，配套田间沟系，降低田间湿度，同时增施磷、钙、钾肥料，促进作物生长健壮，抗病能力提高，能减轻青枯病发生。
培育壮苗。采用营养钵、肥团、温床育苗，培育矮壮苗，以增强作物抗病、耐病能力。
喷施微肥。喷施微肥可促进植株维管束生长发育，提高植株抗耐病能力。
药剂防治
预防方案：专业植物疫苗进行灌根、冲施、叶面喷洒，7—10天灌1次，连灌2-3次。
化学药剂防治：应在发病初期施药。可选用72%农用链霉素4000倍液、77%氢氧化铜可湿性粉剂500倍液、50%代森锌可湿性粉剂1000倍液喷施。
其他农业措施
严格实行轮作制。耕作制度实行与非茄科作物轮作或水、旱轮作。
及时清除病株控制青枯病蔓延。田间辣椒出现青枯苗时，一定要及时拔除，以免病菌增殖。拔除病株后，洒上生石灰消毒，并対周边植株淋施杜邦全成R750倍液或硫酸农用链霉素1000倍液以杀死土传病菌，达到控制青枯病蔓延。
药剂防治的具体操作
药剂防治尚无理想药剂，但在定植后至开花结果期及早淋药预防，比发病后施药对预防和减轻发病效果更好。这期间定期或不定期淋施或结合沟灌，用高锰酸钾600倍液，或硫酸铜1000倍液，或铜氨液600～800倍液，2～3次或更多，发病后继续挑治，封锁发病中心，可减轻危害。
发病前期可进行喷施中生菌素、春雷霉素、噻菌铜、噻唑锌等药剂，发病后期，先将病株拔除，再进行喷药或灌根。灌根可以使用石灰水，或直接洒生石灰。
