水稻幼苗一般不发生稻瘟病,主要发生青枯病和立枯病。在本田中,6月下旬管理不当会发生叶瘟,有急性、慢性、白点和褐点型。苗瘟因秧苗受害时期不同,分为苗瘟和苗叶瘟。苗瘟多由种子带菌引起,一般在三叶期以前发生,秧苗变褐枯死。三叶期以后发生的称为苗叶瘟,常发生于晚稻秧田和塑料薄膜育秧的田块。中国北方稻区苗叶瘟基本不发生,而中国南方稻区,早、中、晚稻秧田均有不同程度的发生,以晚稻秧田为重,发病症状与该田期叶瘟相同。苗瘟发生于三叶前,由种子带菌所致,病苗基部灰黑,上部变褐,卷缩而死,湿度较大时病部产生大量灰黑色霉层。